Ada sejumlah program strategis Keuskupan Labuan Bajo (KLB) sebagai instrumen utama untuk mewujudkan visi Gereja yang Sinodal, Solid, dan Solider. Program strategis dirancang lintas bidang, berorientasi pada dampak jangka menengah–panjang, serta diturunkan secara langsung dari lima misi utama keuskupan. Dengan pendekatan ini, Renstra memastikan bahwa arah pastoral tidak berhenti pada wacana normatif, tetapi terimplementasi melalui kegiatan nyata, terukur, dan berkelanjutan.
Misi 1
Dalam Misi 1, yakni memperdalam iman umat melalui liturgi dan sakramen yang inklusif, inkulturatif, dan transformatif, program strategis diarahkan pada revitalisasi liturgi dan sakramen, inkulturasi iman, serta formasi iman dan katekese kontekstual. Pelatihan imam, katekis, dan tim liturgi, evaluasi mutu homili, serta pengembangan musik liturgi kontekstual diharapkan meningkatkan kualitas pelayanan sakramental dan partisipasi umat. Inkulturasi iman diwujudkan melalui penyusunan tata liturgi budaya Manggarai, pengembangan simbol-simbol liturgi lokal, dan kajian iman–budaya, sehingga peribadatan sungguh berakar pada konteks umat. Formasi iman dilengkapi dengan modul katekese tematik, penguatan KBG, serta perhatian khusus pada anak dan remaja melalui pendekatan ramah anak.
Misi 2
Misi 2, membangun Gereja sinodal yang partisipatif, kolegial, dan komunikatif, diterjemahkan ke dalam program revitalisasi struktur pastoral, kepemimpinan sinodal, serta komunikasi dan konsultasi berjenjang. Reorganisasi DPP/DKP dan komisi, pelatihan pengurus pastoral, serta penyusunan pedoman kerja bertujuan memperkuat fungsi kelembagaan. Kepemimpinan sinodal dikembangkan melalui School of Ministry, workshop kolaborasi, dan pembinaan kader pastoral, sehingga tercipta budaya kerja tim yang dialogis. Forum komunikasi lintas paroki dan evaluasi partisipatif menjadi sarana refleksi bersama dan pengambilan keputusan kolegial.
Misi 3
Dalam Misi 3, yakni mewujudkan pelayanan solider dan transformatif bagi kaum miskin, terdampak, dan lingkungan, program strategis mencakup pemberdayaan ekonomi umat, pastoral keluarga–migran–difabel, ekopastoral, serta advokasi sosial-ekologis. Pelatihan pertanian organik, pembentukan koperasi, dan kewirausahaan sosial diarahkan untuk meningkatkan kesejahteraan keluarga Katolik. Pastoral keluarga dan migran menekankan pendampingan, advokasi hak sosial, dan liturgi inklusif. Komitmen ekologi integral diwujudkan melalui program “Gereja Sahabat Alam”, pendidikan Laudato Si’, serta advokasi tata ruang dan konservasi.
Misi 4
Misi 4, membangun tata kelola Gereja yang solid, transparan, akuntabel, dan digital, difokuskan pada digitalisasi tata kelola, penguatan transparansi, dan profesionalisasi SDM. Pengembangan database umat, pelaporan keuangan digital, audit internal, serta pelatihan manajemen berbasis data bertujuan menumbuhkan budaya akuntabilitas dan perencanaan pastoral yang berbasis bukti.
Misi 5
Sementara itu, Misi 5, mewartakan Injil secara kontekstual, digital, dan transformatif, diwujudkan melalui evangelisasi digital, formasi pewarta muda, pendidikan Katolik bermutu, serta dialog lintas iman dan budaya. Tim media keuskupan, produksi konten kreatif, penguatan sekolah Katolik, dan forum lintas agama memastikan bahwa pewartaan Injil relevan, inklusif, dan berdampak luas.